ศูนย์การเรียนรู้พิเศษประภาคารปัญญา เป็นหน่วยงานในสังกัดมูลนิธิช่วยคนปัญญาอ่อนแห่งประเทศไทย ในพระบรมราชินูปถัมภ์ ก่อตั้งขึ้นเมื่อ ปี 2525
โดยคณะกลุ่มบุคคลที่เห็นความสำคัญของเด็กที่มีความบกพร่องทางสติปัญญาในระดับปานกลางและระดับหนักให้มีสถานที่ฝึกอบรม

7 พฤษภาคม 2530 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินเป็นองค์ประธาน ในพิธีเปิดอาคารที่ทำการถาวร

ศูนย์การเรียนรู้พิเศษประภาคารปัญญา ได้รับพระกรุณาธิคุณจากสมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอเจ้าฟ้ากัลยาณิวัฒนา กรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์
พระราชทานเงิน “ทุนการกุศลสมเด็จย่า” เพื่อนำมาใช้ให้เกิดประโยชน์ต่อการดำเนินงานของศูนย์ฯ ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2542 เป็นต้นมา

21 พฤศจิกายน 2545 สมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอเจ้าฟ้ากัลยาณิวัฒนา กรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์ เสด็จพระราชดำเนินเป็นองค์ประธาน
ในพิธีพระราชทานคู่มือจัดขั้นตอนสอนเด็กปัญญาอ่อน